El Museo Arqueológico de Fuerteventura inicia las tareas de inventario y registro final de sus colecciones arqueológicas, en su mayoría pertenecientes a las culturas indígenas canarias y que se encuentran en el almacén de fondos de la entidad y en sus salas de exposiciones. Los trabajos se inician una vez que han sido adjudicados a la empresa Tibicena Arqueología y Patrimonio.

Según ha señalado el consejero insular de Patrimonio Histórico, Rayco León, "el fin último de los trabajos es elaborar el registro e inventario del museo, con el objetivo de favorecer su custodia, investigación y divulgación de generación a generación". Además, se cumple con la Ley de Patrimonio Cultural de Canarias que establece que todos los museos públicos deben contar con un inventario de todos sus fondos y libro de registro.

Las colecciones objeto de las labores son de material metálico, pétreo, cerámico, malacológico, y vegetales, entre otros objetos de distinta naturaleza y restos humanos procedentes del Barranco de Esquinzo, Cueva de Villaverde, Los Caletones, La Tonina, Barranco de Pecenescal, Barranco de Los Canarios y Barranco de la Herradura.

La colección de bienes muebles que custodia el Museo Arqueológico de Fuerteventura comienza a reunirse a partir de 1965, a través del coleccionismo realizado por el historiador Roberto Roldán Verdejo y Vicente Ruiz, primer encargado del museo. En este sentido, hay que señalar también la entrega de materiales del arqueólogo inglés J. Mercer que visitó Fuerteventura en los años 1969 y 1970.

Otros materiales proceden de excavaciones arqueológicas autorizadas por el Gobierno de Canarias como las de la factoría romana de púrpura del Islote de Lobos, Cueva de los Ídolos, La Atalayita, Cueva de Villaverde, Butihondo, Montaña de La Muda, Barranco de Mal Nombre, Valle de la Cueva, Casilla de Costa, Punta del Mallorquín, Montaña del Sombrero o Punta Caletones.

También forma parte de los fondos la colección de fósiles, muchos de ellos recogidos durante la realización de la Carta Paleontológica de Fuerteventura entre 2004 y 2008, y materiales arqueológicos procedentes de prospecciones superficiales, bien realizadas durante la elaboración de la carta arqueológica insular o con motivo de estudio de determinadas zonas. También materiales arqueológicos procedentes de donaciones y de hallazgos casuales que las personas con sensibilidad patrimonial han entregado al Cabildo de Fuerteventura.